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微生物群落的种群多样性一直是微生物生态学和环境学科研究的重点。群落结构决定了生态功能的特性，群落结构变化也是标记环境变化的重要方面。环境中存在大量的微生物：细菌、真菌、古菌、藻类等。近年来二代测序技术（Next Generation Seq …
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Heatmap(热图)
Heatmap(热图)可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行聚类，将聚类后的数据表示在heatmap 图上，通过颜色的梯度及相似程度来反映数据的相似性和差 …
查看更多 »典范相关分析（canonical correlation analysis，CCoA）
典范相关分析（canonical correlation analysis，CCoA） 典范相关分析是研究两组变量之间相关程度的多元分析方法。典范相关分析把两组变量的相关变为两个新变量之间的相关来进行研究，第一组变量中找出一个变量的线性组合 …
查看更多 »PCA分析(Principal Component Analysis)
PCA分析(Principal Component Analysis) PCA 分析，即主成分分析，是一种对数据进行简化分析的技术，这种方法可以有效的找出数据中最“主要”的元素和结构，去除噪音和冗余，将原有的复杂数据降维，揭示隐藏在复杂数据 …
查看更多 »偏最小二乘法判别分析（pls-da）
偏最小二乘法判别分析(pls-da ,Partial least squares discrimination analysis) 偏最小二乘法判别分析原理： 偏最小二乘法判别分析是一种用于判别分析的多变量统计分析方法。判别分析是一种根据观 …
查看更多 »Venn图
Venn图 Venn图（文氏图）可以展现多个样品中所共有的OTU 数目，OTU 数目反映环境样品的相似性及重叠情况。在图中，如果两个不同颜色圆圈重叠的区域标注有数字100，说明这两个样品均有序列被划分入相同的OTU 中，且这样的OTU 有1 …
查看更多 »水源微生物多样性分析（microbial diversity of water ）
水源微生物多样性分析（microbial diversity of water ） 基于16S rDNA基因、18S rDNA基因和ITS序列，利用NGS测序技术（454 GS FLX,Illimina HiSeq,MiSeq）来分析水源（ …
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