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　做微生物多样性研究时，大家是不是经常会遇到RDA分析、CCA分析、PCA分析、PCoA分析呀？我们知道它们对物种（基因或功能）的分析具有重要的作用。但是你知道它们代表什么意思？在什么情况下用什么分析吗？

　RDA 或者CCA定义是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型，CCA 是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。

RDA分析(Redundancy analysis) RDA分析，即冗余分析，对比主成分分析可以发现，其实冗余分析就是约束化的主成分分析。PCA和RDA的目的都是寻找新的变量来代替原来变量，它们主要区别在于后者样方在排序图中的坐标是环境因子 …