查阅相关文献,发现在獭兔肠道菌群相关的文献中,獭兔的样本主要分为两种,一种是肠道内容物,一种是粪便,其中大多数文章采用的是肠道内容物。
1 肠道内容物的采集方法
将獭兔解剖后,将肠道内容物取出,可以采集盲肠,也可以采集其他部位。 需要注意的是,不同部位的肠道菌群不同,同一批样本,建议采集同一肠道部位的内容物。由于不同个体间,肠道菌群存在差异,建议 1 只獭兔的肠道内容物为1 个样本,不要将多只獭兔的样本混为 1 个。
在采样之前,先准备好无菌管。如果肠道内容物为固体,可以将固体内容物, 采集下来,放到无菌管中。若肠道内容物固体物较少,粘液较多,可以用无菌的 PBS 将粘液和少量固体物冲洗下来,放到无菌管中。固体样本,建议采集 1g,最少需要 0.1-0.2g。液体样本,建议采集 15-20ml。样本采集好后,尽快放到-20 或-80 冰箱。在样本运输时,请用干冰+泡沫盒进行快递。干冰一天挥发约 3kg,快递运输时间*3Kg,即为所需的干冰量。
2 粪便的采集方法
与其他兔子一样,獭兔的粪便也分别硬便和软便。硬便一般是白天排出,软便一般是晚上排出。需要注意的是,软便排出后,獭兔会将软便给吃掉。许多文献已表明,硬便和软便的菌群结构差异比较大,建议同一只獭兔,分别收集其硬便和软便,作为 2 个不同的样本。
在采样之前,先准备好无菌管、镊子和酒精棉,建议采集新鲜的粪便。在笼子或准备采集粪便的地方,提前铺上无菌纸,用酒精棉擦拭镊子。獭兔排出硬便后,尽快将新鲜的硬便用镊子夹到无菌管中。如果采集其他獭兔,则将镊子用酒精棉擦拭、灭菌后,再采集。
软便的采集方法,可以参照硬便的采集方法。如果担心獭兔吃掉软便,可以给獭兔带个脖套。
建议 1 个样本采集 1g,最少需要 0.1-0.2g。样本采集好后,尽快放到-20 或-80 冰箱。在样本运输时,请用干冰+泡沫盒进行快递。干冰一天挥发约 3kg,快 递运输时间*3Kg,即为所需的干冰量。
假设没有低温保存运输措施,可以采用微基生物研发的常温采集保存液,可以在室温下保存 14 天。